本部為全面協助私立大學校院提升教育品質，鼓勵學校健全特色發展，縮小公私立大學校院之教育資源差距，每年編列獎勵私立大學校院校務發展計畫之獎補助經費，其中分為補助及獎勵經費（補助部分占30％，獎勵部分占70％），俾利協助學校發展校務。

(一)本部主管之私立大學校院。

(二)學校於境外設立之分校、分部，不適用本要點之規定。

(三)學校符合下列規定者，得檢具計畫書及相關文件、資料，申請獎勵補助：

1. 經核准立案，且招生達二年以上。

2. 學校招生、學籍、課程、人事、會計、財務及行政電腦化等校務運作正常，並建立內部控制制度。

3. 學校財團法人組織及董事會運作正常。

(一)依教育部輔導私立大專校院改善及停辦實施原則，經本部審核認定列為專案輔導學校僅核予補助經費。

(二)宗教研修學院依規定申請獎勵、補助者，以新臺幣五十萬元為限。

(三)依學校型態實驗教育實施條例設置之私立實驗教育學校，依規定申請獎勵、補助者，以新臺幣一百萬元為限。

(四)本部核定學校獎勵補助經費，以學校前一學年度決算收入金額之百分之十五為上限；其中捐贈收入金額之採計，以其收入百分之十為計算基礎，如捐贈收入百分之十金額超過學雜費收入，則以學雜費收入百分之十五計算。

(五)為利計畫經費核配作業，各校所屬類組分別如下：

1.綜合大學類組：依學生數區分為下列二個類組：

(1) 輔仁大學、淡江大學、中國文化大學、逢甲大學、銘傳大學、中原大學、東海大學、東吳大學、義守大學、實踐大學、靜宜大學、亞洲大學、世新大學、長榮大學、元智大學，共十五校。

(2) 大葉大學、開南大學、南華大學、真理大學、中華大學、大同大學、康寧大學、佛光大學、玄奘大學、華梵大學、中信金融管理學院、法鼓文理學院，共十二校。

2.醫學類組：高雄醫學大學、中國醫藥大學、臺北醫學大學、中山醫學大學、長庚大學、慈濟大學、馬偕醫學院，共七校。

3.宗教研修學院類組：基督教台灣浸會神學院、臺北基督學院、一貫道天皇學院、台灣神學研究學院、一貫道崇德學院、台灣基督長老教會南神神學院、中華福音神學研究學院、唯心聖教學院、福智佛教學院，共九校。